O Ministério Público de Contas emitiu parecer nas contas anuais do FUNDEB/SEMED, exercício de 2009, no sentido de recomendar ao TCE a sua irregularidade, aplicar multa e representar ao Ministério Público Estadual.
De acordo com os técnicos do TCE, o valor investido do FUNDEB na remuneração dos profissionais do magistério da educação básica em exercício na rede pública foi aquém dos 60% previstos na Lei n. 11.494/07, que regulamenta o FUNDEB.
O parecer desta, ainda, grave irregularidade no aluguel de imóveis pela SEMED, pois, no processo, não consta ter havido prévia e formal justificativa do interesse público na locação e das escolhas dos bens, no que se refere às necessidades da Administração quanto à instalação e localização do imóvel, e da compatibilidade do preço com o mercado imobiliário. O total gasto no período com locações foi da ordem de R$6.000.000,00
O Parecer n. 3424/2011-MP-EMF, lançado no Processo n. 1583/2010, aguarda pronunciamento da Corte de Contas.